İslamşünaslıq ixtisaslaşması üzrə təhsil alan magistranlara aşağıdakı fənnlər tədris olunur.
Xarici dil (ingilis dili), Psixologiya, İslamşünaslığın müasir problemləri, İslamşünaslığın tarixi və metodologiyası, Elmi-tədqiqat metodları, İslam məzhəbləri metodologiyası, Quran tarixi , Ali məktəb pedaqogikası, İslam hüquq tarixi, Təfsir problemləri, Hədis problemlər, Azərbaycanda təsəvvüf, İslam hüquq fəlsəfəsi
• Seçmə fənlər
Fəlsəfə, Fəlsəfə tarixi, İslam tarixinin mənbələri, Təsəvvüfün əsas mənbələri, Klassik təfsir mətnləri, Təfsirdə mübahisəli məsələlər, Kəlam problemləri, Kəlam fəlsəfə münasibətləri, İslamın müasir məsələləri, Hədisləri anlama metodları