Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 9 fevral 2018-ci il tarixli 3654 nömrəli Sərəncamına əsasən, Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin tabeliyində Azərbaycan İlahiyyat İnstitutu yaradıldı. Həmin tarixə qədər Bakı Dövlət Universitetinin tərkibində fəaliyyət göstərən İlahiyyat fakültəsi qeyd olunan sərəncama əsasən, yeni yaradılan Azərbaycan İlahiyyat İnstitutunun strukturuna daxil edildi. Müstəqil Azərbaycan Respublikası ilə həmyaşıd olan İlahiyyat fakültəsi 1992-1993-cü tədris ilində Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi, Bakı Dövlət Universiteti və Türkiyə Diyanət Vəqfi arasında bağlanmış müqavilə əsasında təsis olunmuş və 2018-ci ilə qədər Bakı Dövlət Universitetinin nəzdində fəaliyyət göstərmişdir. Həmin tarixə qədər fakültəyə akademik Vasim Məmmədəliyev rəhbərlik etmişdir.
Keçən 25 ildə din sahəsində yüksək ixtisaslı kadrların yetişdirilməsində müstəsna rolu olan İlahiyyat fakültəsi bu müddət ərzində yüzlərlə məzun yetirmiş, Azərbaycan cəmiyyətinə onlarca alim, mütəxəssis və din xadimi ərməğan etmişdir. İlahiyyat sahəsində yerli mütəxəssislərin yetişdirilməsində tarixi bir missiyanı yerinə yetirən İlahiyyat fakültəsi Aİİ-nin yerli imkanlarla təsis edilməsinə də bu baxımdan ciddi töhfə vermişdir. Hazırda fakültədə ixtisasla bağlı bütün fənlərin tədrisi elmi dərəcə və elmi adlara yiyələnmiş yerli kadrlar tərəfindən aparılır.
Yüksək akademik təfəkkürə malik müəllimlərin rəhbərliyində milli-mədəni irsi anlayıb dəyərləndirə bilən, mövcud problemlərə dair həll variantları irəli sürən, ilahiyyat sahəsində əsas biliklərə yiyələnib din haqqında doğru bir anlayış və yanaşmaya sahib olan, əldə etdiyi biliklərlə özünü inkişaf etdirməyə və fəzilətli olmağa səy göstərən, bəşəriyyətə faydalı olan bütün yeniliklərə müsbət yanaşan, tədqiqatları ilə elmə töhfə verən, müxtəlif sosial layihələrlə ictimai şüurun formalaşmasında aktiv rol oynayan ilahiyyatçılar yetişdirmək fakültə qarşısında duran ən ümdə məqsədlərdəndir.
Fakültənin ən başlıca missiyası cəmiyyətin dini düzgün şəkildə anlamasını və öyrənməsini təmin etmək məqsədilə dini səhih mənbələrdən araşdırmaq, dini elmlərin ənənəvi metodlarına bağlı qalaraq, cəmiyyətin ehtiyac və təmayüllərini yaxından təqib edərək yaranan problemlərə dair həll variantları təklif etmək, zamanın tələb etdiyi şəkildə çoxşaxəli biliklərə və ümumbəşəri dəyərlərə sahib yüksək ixtisaslı ilahiyyatçılar və din xadimləri yetişdirməkdir.