В Азербайджанском Институте Теологии осуществляется прием на ступени бакалавриата и магистратуры.
Обучение на ступени бакалавриата осуществляется по следующим направлениям:
• Исламоведение
• Религиоведение
Институт готовит магистров по следующим специализациям, входящим в специальность Религиоведение:
• История религий
• Социология религии
• Исламоведение
• Психология религии
• Философия религии