Azərbaycan İlahiyyat İnstitutunun məqsəd və məramını əks etdirən loqo aşağıdakı mənaları daşıyır:
- multikulturalizmi və tolerantlığı əks etdirən loqonun tam mərkəzindəki əlləri səmaya yönələn “insan” simvolu Tanrı ilə ünsiyyəti,
- "kitab” elmin əsas qaynağını,
- “zeytun budağı” isə sülhü və mənəviyyatı ifadə edir.