В соответствии с Распоряжением Президента Азербайджанской Республики № 3654 от 9 февраля 2018 года в подчинении Государственного Комитета по Работе с Религиозными Организациями был создан Азербайджанский Институт Теологии. Факультет Теологии, действующий до этого в составе Бакинского Государственного Университета, в соответствии с указанным распоряжением был включен в состав Азербайджанского Института Теологии. Факультет Теологии, действующий еще со времен Независимой Азербайджанской Республики, был создан на основе контракта, подписанного между Министерством Образования Азербайджанской Республики, Бакинским Государственным Университетом и Религиозным Фондом Турции в 1992-1993 учебном году и до 2018 года функционировал при Бакинском Государственном Университете. До этого времени факультет возглавлял академик Васим Маммадалиев.
Факультет Теологии, сыгравший за последние 25 лет исключительную роль в подготовке высококвалифицированных кадров, выпустил за период своего существования сотни выпускников, подарил Азербайджанскому обществу десятки ученых, специалистов и религиозных деятелей. Факультет Теологии, выполняющий историческую миссию по обучению местных специалистов в области теологии, внес значительный вклад с точки зрения обеспечения АИТ местными возможностями. В настоящее время все дисциплины, связанные со специальностью, преподаются местными кадрами, имеющими ученые степени и ученые звания.
Главной целью, стоящей перед факультетом, является подготовка и воспитание теологов, способных понять и оценить национально-духовное наследие под руководством учителей, обладающих высоким академическим мышлением; предлагающих пути решения существующих проблем; усвоивших базовые знания в области теологии и имеющих правильное представление и подход к религии; стремящихся развивать себя с приобретенными знаниями и быть добродетельными; имеющих положительный подход ко всем инновациям, приносящим пользу человечеству; вносящих вклад в науку своими исследованиями; играющих активную роль в формировании общественного сознания с помощью различных социальных проектов.
Основная миссия факультета состоит в том, чтобы исследовать религию на основе точных религиозных источников для обеспечения правильного понимания и изучения обществом религии; предложить пути решения возникших проблем, следуя традиционным методам религиозных наук и обширно исследуя потребности и тенденции общества; подготовить высококвалифицированных богословов и религиозных деятелей, обладающих современными многосторонними знаниями и общечеловеческими ценностями.