Отделение магистратуры и докторантуры Азербайджанского института теологии является органом, функционирующим в структуре Азербайджанского институте теологии, который был создан на основании Распоряжения Президента Азербайджанской Республики под номером 3654 от 9 февраля 2018 г.
В своей деятельности отделение руководствуется Законом Азербайджанской Республики «Об образовании», другими законами Азербайджанской Республики, постановлениями кабинета министров Азербайджанской Республики, Государственной стратегией по развитию образования в Азербайджанской Республике, актами министерства образования Азербайджанской Республики и Государственного комитета по работе с религиозными организациями Азербайджанской Республики, «Показательным Положением об организации обучения в высших учебных заведениях по кредитной системе», Уставом института, другими законодательными актами, действующими в Азербайджанской Республике, приказами и распоряжениями ректора, постановлениями и научно-методическими рекомендациями Научного совета института.
Основная деятельность отделения магистратуры и докторантуры заключается в следующем:
- отделение занимается вопросами в связи с организацией и координацией исследовательской работы магистрантов и докторантов (диссертантов);
- ведет регистрацию документов, поступивших в отделение, и отправленных из отделения;
- готовит всю статистическую информацию в связи с магистрантами и докторантами (диссертантами);
- готовит личные дела магистрантов и докторантов (диссертантов) и отмечает соответствующие изменения в них;
- организует приемные экзамены на уровне докторантуры;
- готовит все приказы и документы, связанные с докторантами и диссертантами;
- выполняет все другие функции, исходящие из законодательства.
В отделение проводится подготовка магистров по следующим специализациям, входящим в специальность религиоведение:
1. История религий.
2. Социология религии.
3. Исламоведение.
4. Психология религии.
5. Философия религии.
Магистранты наряду с учебой работают над диссертационной работой под научным руководством высокоспециализированных специалистов. После защиты диссертационной работы они удостаиваются получения степени магистра.